Японского сионизма вам в ленту!

[grihan]

http://elementy.ru/novosti_nauki/432928/Samosborkoy_polucheny_struktury_iz_144_molekulyarnykh_komponentov

(вступление - римейк моей старой записи про самосборку)

Comments

[shultz-flory.livejournal.com]

Впечатляет! А почему селен, а не сера? Как-то влияет на угол?

[grihanm.livejournal.com]

Ага - на угол

We observed this M30L60 framework when the experimental procedures
were carried out under conditions typical for targeting self-assembly
of standard MnL2n complexes, except that selenophene-cored
bipyridyl-type ligand 1 was used instead of an organic bipyridyl ligand.
The bend angle (θ) of ligand 1 is 152°, only 3° larger than that
of thiophene-cored ligand 2 (θ = 149°), which selectively assembles into
the M24L48 rhombicuboctahedron upon palladium(ii) coordination.
A small difference in the bend angles of two ligands can critically switch
the resultant self-assembled structure, as has been observed for the
M12L24-to-M24L48 transition at around θ = 131°–134°.

[profi.livejournal.com]

как правило, ничто, кроме диффузии и электростатики, их друг к другу не подталкивает.

Кроме "подталкивать" есть еще момент формирования структуры. Кроме квази-статической геометрии (углы) элементов, какие еще факторы или взаимодействия могут принимать участие в самосборке определенных структур? Обменные? Магнитнодипольные? Что, если самосборку проводить в приложенном электрическом или магнитном поле? Статическом? Импульсном? При градиенте температур? Кто-то это делал? Жутко интересно, ИМХО.

[grihanm.livejournal.com]

Почти уверен, что кое-что из перечисленного делали - хотя конкретики не помню.

Помню забавные модельные эксперименты, когда готовили большие детальки (конструктор) из пластика с магнитиками на концах - такие, которые только напрямую концами могут склеиваться. Потом тупо трясли в банке - и они самособирались, как молекулы. :)

Ещё интересно, можно-ли вогнутый многогранник сделать. И если да - то можно-ли сгибающийся - как тут. https://www.youtube.com/watch?v=_EJVq78ydLE

[profi.livejournal.com]

1. Обменные и магнитно-дипольные силы - это про другое. Я переусложнил вопрос, каюсь.
2. Детальки с магнитиками - это другой эксперимент. Не во внешнем поле делали.
3. Насколько я помню из фуллереновой науки, для того, чтобы получить положительную кривизну (и замыкание поверхности, как в бакиболлах и трубках) нужна комбинация шести- и пятигранников. А для получения отрицательной кривизны нужны, кажется, еще и семигранники.

[evgeniirudnyi.livejournal.com]

По-моему, утверждение

"В принципе, так происходит и в живой клетке. ... Всё работает по (био)химическим законам без чьего-либо сознательного надзора или управления — это результат эволюции, постепенного усложнения, выживания работающих систем и отмирания неработающих."

внутренне противоречиво. Если занять сторону химии, то получится примерно так

1) Есть предыдущее состояние системы.
2) Есть законы физики.
3) Последующее состоние получается из предыдущего по законам физики.

Однако крайне сомнительно, что в рамках такой схемы можно найти эволюцию в том смысле, как она понимается в биологии.

[grihanm.livejournal.com]

могло получиться несколько разрешенных состояний, из которых сохранились (найболее) живучие.

[evgeniirudnyi.livejournal.com]

Наиболее живучие - это только иллюзии сознания внешнего наблюдателя, который наблюдает работу приведенной схемы со стороны. В самой схеме наиболее живучих не найти. Ведь все получается согласно законам физики. Или вы считаете, что электрон оказался живучее антиэлектрона?

[grihanm.livejournal.com]

Не думаю, что можно проводить аналогию между биомолекулой и электроном.

[evgeniirudnyi.livejournal.com]

В чем вы видите разницу в рамках приведенной схемы?

С другой стороны, давайте рассмотрим две параллельные реакции, в которых участвуют три биомолекулы

A -> B
A -> C

Предположим, что константа скорости первой реакции больше, чем константа скорости второй реакции. Можно ли сказать в таком случае, что молекула B более живучая, чем молекула С?

[grihanm.livejournal.com]

Говоря о биомолекулах, стоит говорить о биоактивности. Скорость реакции тоже может быть важна, но может и не всегда.

Например - три разных энзима, А, В, и С, копирующие ДНК. А копирует без ошибок, В с небольшим количеством ошибок, С - со многими ошибками. У организма/системы с А - не будет разнообразия, и он вымрет со сменой условий. У организма/системы с С будет слишком много вредных мутаций, как результат - деградация и вымирание, в лучшем случае популяция будет небольшой и легко вытеснится конкурентами. В результате - "В" самый живучий.

[evgeniirudnyi.livejournal.com]

Непонятно, чем у вас организм отличается от химического реактора.

В целом следует быть более последовательным. Если вы согласны с приведенной мною схемой, то следует искать "живучесть" в рамках этой схемы.

[shultz-flory.livejournal.com]

Что такое законы физики? Второе начало термодинамики к ним относится? А принцип неопределенности Гейзенберга?

[evgeniirudnyi.livejournal.com]

В данном контексте это те законы физики, которые необходимы для расчета перехода системы из предыдущего состояния в последующие. В зависимости от выбранной картины мира они могут считаться детерминированными или стохастическими. В рассматриваемом контексте это не так важно.

Необходимые законы меняются по ходу развития физики. Например, Шон Кэрролл предлагает уравнение, которое можно найти у него в блоге под названием The World of Everyday Experience, In One Equation (ссылочка не проходит).