grihan: (nos)
[personal profile] grihan
Говорят, в психологии 50% публикаций не воспроизводятся, а в молекулярной онкологии аж 90%. Ну и спрашивают как там в химии. Отвечаем. За всю химию конечно не скажу, только за свои публикации, числом 14. А лучше ограничусь теми, что с ПхД, числом 10.

Преамбула. Строение молекул в химии определяют всякими спектроскопиями, среди которых, на мой скромный взгляд, cамым крутым был и остаётся pентгеноструктурный анализ (X-ray crystallography). Самый крутой - потому что с сегодняшним уровнем компьютеризации можно всего-лишь засунуть кристалл в прибор и, если повезёт, путём нескольких несложных манипуляций получить сразу картинку молекулы с точным расположением атомов. Когда такая картинка получена - всё, больше никаких доказательств того, что у вас получилась именно эта молекула не требуется. Нужно, конечно, показать с помощью других методов сколько именно такого вещества получилось, что это не случайный кристалл, составляющий 0.0...1% от смеси; нужно иногда поломать голову как именно оно могло там получиться - но сомнений в том, что этот кристалл состоит именно из молекул на картинке - нет.

Вот, например, картинка из последней статьи (атомы водорода не показаны, чтобы не усложнять).

xray

Если вещество достаточно интересное, можно смело его публиковать в самых престижных журналах, строить теории, фантазировать о применениях итд. Eсли ещё раз получится такой же кристалл - прибор выдаст ту же картинку. То есть воспроизводимость как бы есть, всё кошерно. Однако, всегда-ли возможно получить такой же кристалл? (Конец преамбулы)

Так вот, из тех 10 статей в 4-ёх случаях синтез нам воспpоизвести удавалось (включая последнюю - там всё было воспроизведено несколько раз задолго до публикации). B 3-ёх из 10 - некоторые из опубликованных структур не получились, как ни старались. И это только то, что мы сами пытались. Остальные не пробовали. При желании можно сказать, что всё как в психологии - в ~50% были опубликованны невоспроизводимые результаты.

При этом надо учесть следующее:

Все эти "невоспроизводимые" статьи без сомнения доказали возможность получения таких веществ и продвинули понимание процессов в своей области химии. Из всех этих проектов выросли проекты с вполне воспроизводимыми результатами. Более того, попытки воспроизвести результаты, даже если были неудачными, в некоторых случаях привели к разработке новых полезных методов.

Вывод: вопрос о воспроизводимости не первостепенный. Первостепенные вопросы: (а) честно-ли представлены результаты и (б) ведёт-ли их публикация к развитию научной мысли. Интересно, есть-ли польза от невоспроизводимых статей в молекулярной онкологии или психологии?

(На случай, если кто-то пропустил, пост [livejournal.com profile] shvarz на ту же тему)

Date: 2015-09-02 08:38 pm (UTC)
From: [identity profile] profi.livejournal.com
Кристаллография биологически молекул дает недостаточную, а, зачастую, и неверную инфрмацию о реальной структуре этих молекул. Увы.

Date: 2015-09-02 08:57 pm (UTC)
From: [identity profile] affidavid.livejournal.com
Да, об этом часто забывают. Но тут вроде речь о совсем мелких молекулах, тут все обычно очень надежно, разрешение очень хорошее.

Date: 2015-09-02 09:00 pm (UTC)
From: [identity profile] profi.livejournal.com
Тут - конечно. Здесь кристаллография рулит. А вот если есть энантиомеры - кристаллография их различает? Хиральность углеродных трубок? Что-то я сходу не вспомню.

Да, и с аморфными веществами кристаллография тоже сильно пасует.
Edited Date: 2015-09-02 09:01 pm (UTC)

Date: 2015-09-02 09:08 pm (UTC)
From: [identity profile] affidavid.livejournal.com
Энантиомеры вроде хорошо различаются, особенно в молекуле если есть тяжелый атом. С трубками не уверен.

С аморфными вещами типа гелей все очень плохо, но там никто не обманывается, в отличие от биополимеров.

Date: 2015-09-02 09:21 pm (UTC)
From: [identity profile] grihanm.livejournal.com
Хиральность различает несомненно, и у смолл молекьюлс и у макро (если есть монокристалл). С аморфными же нужно по другому, да-с.

Date: 2015-09-03 05:17 am (UTC)
From: [identity profile] profi.livejournal.com
Какой-то червь грызет меня и не дает оснований полностью согласиться. Поговорю-ка я с нашими рентгенщиками.

Date: 2015-09-02 09:17 pm (UTC)
From: [identity profile] grihanm.livejournal.com
неверную инфрмацию о реальной структуре этих молекул в растворе
Edited Date: 2015-09-02 09:18 pm (UTC)

Date: 2015-09-03 05:16 am (UTC)
From: [identity profile] profi.livejournal.com
Угу. Вот только раствор - естественные условия их существания и функционирования. Поэтому в последние десятилетия ЯМР-щики успешно разрабатывают методику "NMR-only" именно для установления структуры биомолекул в их естественной среде обитания.

January 2023

S M T W T F S
1234567
8 91011121314
15161718192021
22232425262728
293031    

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jun. 25th, 2025 11:11 pm
Powered by Dreamwidth Studios